De varmeste månedene er vanligvis juli og juni, med en gjennomsnittstemperatur på 15 °C, og de kaldeste månedene er januar og februar, med en gjennomsnittstemperatur på -15 °C. De mest snørike månedene i Vavilovskoe er mars, januar, februar og desember. I løpet av denne perioden faller det i snitt 274 cm snø hver måned.