Det beste området å bo i Mulegé er i sentrum, spesielt nær hovedtorget, eller langs bredden av Santa Rosalía-elven.Sentrum er ganske kompakt og lett å gå rundt i, med den historiske misjonskirken, Misión Santa Rosalía de Mulegé, som et fremtredende landemerke. De fleste av de lokale butikkene, små spisestedene og tjenestene er samlet rundt den sentrale plassen, og tilbyr en ekte smak av lokalt liv.For par som leter etter en avslappet og autentisk opplevelse, er det ideelt å bo i sentrum. Du kan nyte spaserturer langs elven, besøke misjonen og nyte måltider på lokale restauranter uten å måtte reise langt. Mange gjestehus og boutiquehoteller ligger i restaurerte historiske bygninger, og gir et komfortabelt og unikt opphold.Alternativt, for de som setter pris på å være nærmere naturen og vannaktiviteter, tilbyr et opphold nær Santa Rosalía-elven en nydelig setting. Dette området gir enkel tilgang til kajakkpadling eller padlebrett, og tilbyr ofte overnattingssteder med elveutsikt.