De varmeste månedene er vanligvis juli og juni, med en gjennomsnittstemperatur på 8 °C, og de kaldeste månedene er januar og februar, med en gjennomsnittstemperatur på -30 °C. De mest snørike månedene i Yukagirskiy er oktober, desember, november og mars. I løpet av denne perioden faller det i snitt 15 cm snø hver måned.