For de fleste besøkende er det beste området å bo i Yonaguni rundt Izumi, øyas hovedbosetning.Izumi er øyas knutepunkt, hvor du finner de fleste av øyas fasiliteter, inkludert butikker, restauranter og havnen for ferger til Ishigaki. Det er et lite, gåvennlig område, med de fleste etablissementer plassert langs hovedveien som går gjennom bosetningen. Å bo her sikrer at du er nær viktige tjenester og har enkel tilgang til å utforske resten av øya.Par som leter etter en praktisk og komfortabel base, vil finne Izumi tiltalende. Området tilbyr et godt utvalg av gjestehus og små hoteller, mange med lokale matopplevelser. Det er også en kort kjøretur fra øyas to hovedattraksjoner: det mystiske Yonaguni-monumentet og de fantastiske naturskjønne utsiktspunktene langs vestkysten.For de som prioriterer et rolig opphold med direkte tilgang til havet, tilbyr områder like utenfor Izumi, spesielt langs vestkysten, noen få avsidesliggende overnattingssteder.