Den beste tiden å reise til Megisti er i skuldersesongene mai, tidlig juni, september og tidlig oktober.I disse månedene er været behagelig varmt, ideelt for bading og utforsking av øya uten den intense varmen midtsommers. Du vil oppleve at øya er mindre overfylt enn i juli og august, noe som gir en mer avslappet opplevelse på arkeologiske steder og lokale tavernaer. Fly- og fergetjenester er regelmessige, noe som sikrer praktisk reise.For de som liker et livlig alternativ og ikke har noe imot høyere temperaturer, tilbyr juli og august den fulle sommeropplevelsen med alle tjenester i full drift og en yrende havn. Dette er høysesongen for mange, med mange muligheter for båtturer og kveldsaktiviteter. Selv om det er travlere, beholder Megisti sin sjarm, og de varme kveldene er suverene for å spise utendørs.Reisende som leter etter en rolig flukt kan vurdere slutten av april eller slutten av oktober. Været kan være litt kjøligere, men øya er veldig fredelig, og gir et innblikk i lokalt liv utenom hovedturistsesongen.