Opprinnelsen til ordet Junkanoo er uklar. Noen sier det kommer fra det franske "L'inconnu" (som betyr det ukjente), med henvisning til masken som bæres av paradere; eller "junk enow", de skotske nybyggernes referanse til paradene, som betyr "søppel nok"; eller "John Canoe", navnet på en afrikansk stammehøvding som krevde retten til å feire med folket sitt selv etter å ha blitt brakt til Vestindia i slaveri. Her på Turks- og Caicosøyene har Junkanoo vært en feiring av salthøsthandelen som skjedde under handelen med saltet. Når handelsskip kom med varer for å handle for det høstede saltet, ble det feiret av øyboerne gjennom banking av trommer, gryter og panner, skraping av sager, skrubbebrett, risting av maracas, kubjeller og blåsing av konkyliehorn og plystre.