Middelalderens Kairo, også kjent som fatimidenes Kairo, ble grunnlagt i 969 som kongelig residens for fatimidekalifene, mens den egentlige økonomiske og administrative hovedstaden lå i nærliggende Fustat. Etter at Fustat ble ødelagt i 1168/9 for å hindre korsfarerne i å erobre byen, ble Egypts administrative hovedstad flyttet til Kairo, der den har vært siden. Muizz Street går gjennom det islamske Kairo og har en stor konsentrasjon av basarer og islamsk arkitektur. Etter Memphis, Heliopolis, Giza og den bysantinske festningen Babylon i Egypt var Fustat en ny by som ble bygget som en militær garnison for arabiske tropper.