Folkemordsmuseet (S-21) fungerte som det sentrale knutepunktet i et stort fengselssystem over hele landet og ble brukt gjennom hele perioden som et hemmelig anlegg for internering, avhør, tortur og utryddelse av de som ble ansett som “politiske fiender” av regimet. På grunn av en politikk med skyld-for-assosiasjon ble til tider hele familier internert i senteret. Svært få innsatte ble sluppet ut av fengselet i løpet av årene 1975 og 1979. Bare 12 tidligere innsatte overlevde åpningen av S-21 da Phnom Penh ble frigjort. Fire av dem var barn.
Killing Field mellom 1975 og 1979 av Røde Khmer i å utføre det kambodsjanske folkemordet. Ligger omtrent 17 kilometer sør for sentrum, var den knyttet til Tuol Sleng interneringssenter. Likene til 8 895 ofre ble gravd opp fra stedet etter Rouges fall, som ville ha blitt henrettet der - typisk med hakker for å bevare kuler - før de ble gravlagt i massegraver.