Gjennom Khujands historie var sentrum av byen festningen. I 2500 år utvidet festningen Khujand med byen, ble ødelagt av erobrerne, gjenoppbygd igjen. Etter arkeologiske utgravninger fant man at den første festningen ble reist i VI-V århundre f.Kr., og besto av en vollvegg som gradvis ble omgjort til tykke vegger av rå leire. I tillegg til festningen var det en bymur som dekket 20 hektar. I storhetstiden på Great Silk Road ble festningen Khujand gjenoppbygd, samt bymuren. Byen vokste imidlertid enda mer, og ble delt inn i tre deler: citadellet, rabad og shahristan. På den tiden ble festningen Khujand regnet som en av de viktigste byene i Sentral-Asia. Festningen ble imidlertid ødelagt av Genghis Khans hær. I 1219-1220. I 1999 ble en del av den østlige muren av Khujan festning, som dateres tilbake til 800-00-tallet, restaurert.

I 1999 ble en del av den østlige veggen av festningen Khujan, som dateres tilbake til 800-0000-tallet, restaurert og bygget Museum of History and Local Lore of Archaeology and Befification ved siden av. Dette museet inneholder husholdningsartikler, keramikk og verktøy som ble funnet på gravstedet til festningen. Totalt inneholder museets fond 1200 utstillinger, hvorav de fleste er tilgjengelige for besøkende.

Dette store minnesemblet, som ligger i den historiske delen av byen, ble reist på graven til Muslihiddin Khujandi - herskeren av byen Khujand og dikteren som bodde på XII-tallet. Sjeik Muslihiddin var en hellig mirakelarbeider. Først ble han begravet i landsbyen Unji (en forstad til Khujand), men hans beundrere flyttet sjeikenes aske til byen og reiste et mausoleum på dette stedet. Det var på 1100-tallet. Da var mausoleum et lite gravkammer av brent murstein, dekorert med terrakotta. Denne graven ble ødelagt under den mongolske invasjonen. På XIV-tallet ble mausoleumet gjenoppbygd igjen. I dag er Sheikh Muslikhiddin Mausoleum et arkitektonisk ensemble som består av en moske, en minaret fra 1800-tallet (høyde over 20 m) og sheik Muslikhiddins mausoleum.