Apollonia ble reist i 588 f.Kr.. i åsene som allerede var bebodd av illyrerne, etter grunnleggelsen av det gamle Dyrrachium. Det var en gruppe greske kolonister fra Korfu og Korint, under ledelse av Gylax, som grunnla byen. En ung Augustus, ennå ikke keiser, men allerede beskyttet av Cæsar, kom for å studere i Apollonia. Her passerte kjøpmenn og litterater, hærførere og religiøse. De offentlige bygningene i byen vokste frem midt mellom de to åsene, mellom et område dedikert til militær trening (Arx) og et område dedikert til tilbedelse (Temenos). I Temenos finner du Apollontempelet og restene av noen monumenter fra 600-tallet f.Kr. sammen med et dorisk tempel, lagerbygninger og to små helligdommer. Sentrum for Apollonias liv var agora, som inneholdt flere bygninger. Et gresk teater og et monument viet nymfene, noen politiske bygninger som Bouleterion, Odeon, biblioteket, Triumfbuen, Dianatempelet og Prytaneion, datidens lille lokalparlament.