Folkemordsmuseet (S-21) fungerte som det sentrale knutepunktet for et stort fengselssystem over hele landet, og ble brukt gjennom hele perioden som et hemmelig anlegg for arrestasjon, avhør, tortur og utryddelse av de som ble ansett som regimets “politiske fiender”. På grunn av en politikk med skyldfølelse etter forening, ble iblant hele familier fengslet i sentrum. Svært få innsatte ble løslatt fra fengselet i årene 1975 og 1979. Bare 12 tidligere innsatte overlevde åpningen av S-21 da Phnom Penh ble frigitt. Fire av dem var barn.
Killing Field mellom 1975 og 1979 av den røde khmeren i å begå folkemordet i Kambodsja. Beliggende rundt 17 kilometer sør for sentrum, var det knyttet til Tuol Sleng fengselssenter. Kroppene til 8,895 ofre ble ekshumert fra stedet etter fallet av den røde khmeren, som ville ha blitt henrettet der - vanligvis med pickaxes for å bevare kuler - før de ble begravet i massegravene.