San Juancitos historie er uløselig knyttet til mineralrikdommen til fjellene den ligger i.
Før spanjolenes ankomst utnyttet etterkommerne av Tolupan / Jicaque-folket i dag, i liten skala, mineralene i regionen. På 1500-tallet gjorde spanjolene et kortvarig forsøk på å utvinne malm fra fjellene i området. Ved å bruke den urbefolkningen som arbeidskraft, fortsatte de å trekke ut gull og sølv fra fjellsiden; Etter noen år var imidlertid urbefolkningen så ødelagt av avgrunnede sykdommer og arbeidsforhold at spanjolene, uten en pålitelig kilde til arbeidskraft, pakket og flyttet til andre tilsynelatende mer levedyktige steder i Honduras.