Spaser gjennom Bagamoyos smale, asfalterte gater tar deg tilbake til midten av 1800-tallet, da byen var en av de viktigste bosetningene langs den østafrikanske kysten og terminalen til handelsvognruten som forbinder Tanganjikasjøen med sjøen. Slaver, elfenben, salt og copra ble losset her før de ble sendt til Zanzibar Island og andre steder, og mange europeiske oppdagelsesreisende, inkludert Richard Burton, Henry Morton Stanley og David Livingstone, begynte og avsluttet turene deres her. I 1868 opprettet franske misjonærer Freedom Village i Bagamoyo som et ly for løsrivne slaver, og for resten av århundret tjente byen som en stasjon for misjonærer som reiser fra Zanzibar Island til interiøret.